Magii ve světě Oberon, kde se příběh odehrává, tvoří pět hlavních prvorun. Kromě prvoruny času, která hrála ústřední úlohu v prvním filmu o Princezně zakleté v čase, jsou to runy života, smrti, elementů a prostoru. Na scénu přichází tajemný alchymista, který chce prvoruny ovládnout, a získat tak moc nad veškerou magií. Právě tomu se snaží zabránit trio hlavních hrdinů z prvního dílu, princezna Ellena, Jan z Calderon a alchymistka Amélie. Tentokrát proti nim ale stojí zlo tak mocné, že to bez pomoci nezvládnou. Své síly tak spojí s alchymisty z kouzelného města Ayra, kteří se zapřísáhli magii chránit.

Mladá alchymistka Amélie (Eliška Křenková) získává zakázanou kouzelnou moc: dokáže částečně ovlivňovat tok času. Zneužívání nových schopností ji však rozštěpí v čase a Amélie ze současnosti se tak setkává s Amélií z minulosti, která ji od té chvíle provází na každém kroku. Z dávno zapomenutých temnot času navíc povstává nová hrozba, alchymista nazývaný Pán run (Ján Jackuliak), jenž touží získat vládu nad veškerou magií v Oberonu. Aby se mu to podařilo, musí Amélii připravit o vládu nad časem. Amélie se spolu se svými nerozlučnými přáteli princeznou Ellenou (Natalia Germani) a princem Janem z Calderonu (Marek Lambora) vydává do kouzelného města jménem Ayra, kde sídlí Společenstvo alchymistů, které se zapřísáhlo magii ochránit. Po jeho boku se Amélie musí postavit nejen dosud nejmocnějšímu protivníkovi, ale také svojí vlastní touze po zakázané moci.